Esta série documental, composta por três livros, inclui as actas das sessões da Mesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento, no período de 1803 a 1893, excepto no período de 1858 a 1862, em que as actas transcritas se referem às sessões da Comissão Administrativa da Irmandade. As actas das sessões de Mesa da Irmandade continuam na série de Actas das Sessões da Mesa e Assembleia-geral da Irmandade a partir de 1894 (ver série com ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/05). Em cada sessão de Mesa são apresentadas as propostas, petições, consultas, reclamações, avisos, etc. e depois a resolução da Mesa relativa ao assunto exposto. Temática dos assuntos levados à Mesa: nomeação da Mesa e definidores, apresentação de contas, provimento e despedimento de pessoal contratado, admissão de novos irmãos, realização de obras na Igreja, dívidas e empréstimos, festividades, tabela de emolumentos, relação com inquilinos, devedores, prior da Igreja, entre outros. Existem ainda um subconjunto documental que corresponde a dois maços com documentos de natureza distinta, reunidos pela Comissão Administrativa (1859-1861) - ver subsérie com as ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/01/01.
Série composta por dois livros. Os assuntos são diversos, versando sobre eleição de nova Mesa, apreciação dos Relatórios e Contas apresentadas pela Mesa, projectos de obras, alterações ao Compromisso, questões com o Prior da Paróquia, aumento de ordenados, entre outros. Nos livros que compõem a série seguinte - Actas das Sessões da Mesa e Assembleia-geral (ver série com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/OA/05) surgem registadas actas da Assembleia-geral da Irmandade, de 1894 a 1978, interpoladas com as actas das sessões da Mesa da Irmandade. De 1978 em diante as actas da Assembleia-geral encontram-se registadas nos livros que compõem a série com o título - Actas das Sessões das Assembleias-gerais ordinárias e extraordinárias (ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/06).
Série constituída por um único livro em que se registam os falecimentos dos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação. Os registos encontram-se organizados cronologicamente.
Série documental constituída por um livro, apresentando o registo de ordens de pagamento, organizado por verbas orçamentais.
Série constituída por um único livro com o registo do termo de admissão de irmão do Príncipe D. Carlos na Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação em 1885, a convite da mesma Irmandade.
Série composta por um livro que inclui as contas correntes da Irmandade do Santíssimo Sacramento com os contribuintes para o empréstimo gratuito, indicando-se os valores entregues pelos contribuintes e os pagamentos da Irmandade aos contribuintes, mediante a apresentação da Apólice respectiva.
Série documental constituída por um livro, iniciado em 1822 com a reorganização da escrituração das contas da Irmandade do Santíssimo Sacramento, apresentando os registos organizados por tipos de receita ou despesa.
Foi nomeada uma Comissão Administrativa por Alvarás do Governo Civil de Lisboa, datados de 21 de Outubro e 15 de Dezembro de 1858 (Ver Livro de Actas n.º 1, f. 121 v.º e Livro de Posses f. 120). A Comissão Administrativa tinha como missão principal a elaboração de um novo Compromisso para a Irmandade do Santíssimo Sacramento. Esta Comissão funciona até 1862, organizando a eleição da nova Mesa da Irmandade, que iniciaria funções a partir daquela data, quando acabassem os trabalhos da Comissão, o que veio a suceder na sessão de 10 de Julho de 1862, estando presente também a Mesa entretanto eleita (Ver Livro de Actas n.º 2, f. 36 v.º). Os maços de documentos que constituem esta série, embora de origem e conteúdos diferentes, foram organizados pela Comissão Administrativa no âmbito da sua actividade.
Série constituída por um relatório apresentado pelo Secretário da Comissão Administrativa em 1859, descrevendo a entrega dos bens que constituíam propriedade da Irmandade. A entrega é realizada pela Mesa da Irmandade dissolvida à Comissão Administrativa.
Série documental composta por dois livros de registo dos conhecimentos entregues ao Procurador da Mesa (1814-1817), no primeiro livro, e ao Tesoureiro da Irmandade (1820-1846), no segundo livro.
Série constituída por um maço contendo conhecimentos ou recibos de juros dos padrões, de apólices e de capital mutuado e recibos de foros e rendas.
Série constituída por quatro livros de registo destinados à administração das casas que eram propriedade da Irmandade, incluindo o registo do pagamento das rendas e das dívidas dos inquilinos dessas propriedades.
Série documental constituída por um livro, contendo o registo dos rendimentos anuais provenientes dos padrões, próprios ou hipotecados à Irmandade do Santíssimo Sacramento, da tença anual hipotecada pelos Marqueses de Belas e da ordinária anual de 4 arrobas de cera paga pela Tesouraria dos Ordenados.
Série documental composta por um livro com o assento dos assuntos discutidos em reuniões da Mesa da Irmandade e que requereram votação: os provimentos de dotes a órfãs, eleições de cargos da Irmandade e Mesa, empréstimos a juro, entre outros.
Série constituída por um maço com a conta corrente da Irmandade com o Cofre da Colecta, relação das entregas de dinheiro dos rendimentos no Cofre da Colecta, relação dos rendimentos e dos encargos pios a que a Irmandade estava obrigada, contas das despesas com as obras de reedificação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação e expediente trocado entre a Irmandade e o Juízo da Colecta, incluindo ofícios, requerimentos, recibos, declarações e procurações.