Guilherme Braga da Cruz integrou o Senado Universitário de Coimbra, pela primeira vez em 1958, enquanto diretor da Faculdade de Direito, e depois, entre junho de 1961 e dezembro de 1962 na qualidade de reitor da Universidade de Coimbra. Posteriormente voltou a ser membro do Senado Universitário como representante-eleito dos professores da Faculdade de Direito, entre 1965 e 1972.
Guilherme Braga da Cruz fez parte do corpo diretivo da Verbo-Enciclopédia Luso-Brasileira de Cultura desde o início da década de 1960, sendo que a 10 de junho de 1964 solicita a sua dispensa, visto não terem sido pedidos contributos a si e aos seus colaboradores sobre temáticas das quais são especialistas.
Guilherme Braga da Cruz integrou a Academia das Ciências de Lisboa, na sua Classe de Letras, na qualidade de sócio correspondente a partir de 1962.
Guilherme Braga da Cruz integrou Centro Português de Estudos Europeus, na Secção Portuguesa do Centro Europeu de Documentação e Informação, como membro a partir de 15 de fevereiro de 1963, data em que remeteu a sua inscrição, com a condição de não pagar quota.
Guilherme Braga da Cruz foi agraciado pela Faculdade de Direito da Universidade de São Paulo com a atribuição do doutoramento "honoris-causa", em cerimónia decorrida no dia 18 de agosto de 1964, em São Paulo. Nesta ocasião, Guilherme Braga da Cruz proferiu lições subordinadas a "Princípios fundamentais de direito sucessório romano".
Em cerca de 1942 Guilherme Braga da Cruz tornou-se sócio da Livraria Cruz, fundada pelo seu avô paterno, José António da Cruz, em 1888.
Entre 1963 e 1964 José Maria Braga da Cruz pertenceu à Comissão das Festas Jubilares de Nossa Senhora do Sameiro, com vista à preparação das celebrações jubilares e também do Congresso Mariano de Nossa Senhora do Sameiro.
Guilherme Braga da Cruz foi admitido como membro, em sessão de 27 de outubro de 1963, tendo assumido a representação portuguesa do Seminário de História do Direito da Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra na Association Internationale d' Histoire du Droit des Institutions.
Guilherme Braga da Cruz foi aceite como membro da Académie Internationale des Sciences Politiques em comunicação de 4 de outubro de 1963.
Guilherme Braga da Cruz foi convidado para membro da Académie de Legislation por Paul Ourliac em 23 de março de 1964, tendo comunicado a sua aceitação a 3 de abril de 1964.
Guilherme Braga da Cruz foi parte ativa na ereção canónica e civil da Universidade Católica Portuguesa, dando o seu contributo ao nível do ordenamento jurídico, estatutário e regulamentar, e da qual passou a integrar o Conselho Superior, a partir de 1970. Redigiu pareceres e o "Regulamento do Conselho Superior da Universidade Católica" (1973).
Guilherme Braga da Cruz foi aceite como sócio correspondente do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo na sessão de 20 de fevereiro de 1965, conforme lhe foi comunicado em carta de 28 de fevereiro de 1965.
Documentação reunida e produzida por Guilherme Braga da Cruz enquanto presidente de júris de provas de admissão à universidade, realizados em 1965 em Macau e em 1967 em Angola e Moçambique. Também inclui documentação relacionada com as viagens feitas nessas ocasiões.
Guilherme Braga da Cruz foi proposto como académico correspondente da Academia Portuguesa da História por iniciativa de Marcello Caetano, e aceite a 5 de julho de 1951. Em julho de 1960 passou a integrar esta academia como académico de número, da cadeira n.º 15. Neste contexto proferiu os “Elogios do Padre Francisco Rodrigues e do Padre Carlos da Silva Tarouca”.
José Maria Braga da Cruz foi membro da Comissão de Honra das Comemorações do XIII Centenário na morte de São Frutuoso, realizadas entre 19 e 23 de outubro de 1966.