Foi nomeada uma Comissão Administrativa por Alvarás do Governo Civil de Lisboa, datados de 21 de Outubro e 15 de Dezembro de 1858 (Ver Livro de Actas n.º 1, f. 121 v.º e Livro de Posses f. 120). A Comissão Administrativa tinha como missão principal a elaboração de um novo Compromisso para a Irmandade do Santíssimo Sacramento. Esta Comissão funciona até 1862, organizando a eleição da nova Mesa da Irmandade, que iniciaria funções a partir daquela data, quando acabassem os trabalhos da Comissão, o que veio a suceder na sessão de 10 de Julho de 1862, estando presente também a Mesa entretanto eleita (Ver Livro de Actas n.º 2, f. 36 v.º). Os maços de documentos que constituem esta série, embora de origem e conteúdos diferentes, foram organizados pela Comissão Administrativa no âmbito da sua actividade.
Conjunto de fichas onde se encontram individualizadas as descrições do edifício da Igreja, dos prédios e casas que constituíam os bens imóveis da Irmandade do Santíssimo Sacramento, seguidas das referentes aos paramentos e alfaias.
Série constituída por um ficheiro dos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento, organizado alfabeticamente pelos seus nomes (primeiro pelo apelido e depois pelos nomes próprios).
Série documental constituída por um livro, contendo os assentos da despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento, realizados por Francisco António Colffs, Tesoureiro da mesma Irmandade, entre 1790 e 1803.
Série documental constituída por dois livros com os registos da receita da Irmandade do Santíssimo Sacramento realizados pelo tesoureiro da mesma Irmandade, Francisco António Colffs.
Série documental constituída por um livro contendo os assentos das folhas da obra de construção da Igreja, entre 1790 e 1803, realizados pelo Tesoureiro Francisco António Colffs. Existem outros livros de despesa com as obras de reedificação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação que constituem a série com ref.ª PT-INSE-ISSIE/GP/OI/01.
Aqui se agruparam todos os estudos, projectos, minutas e outros relativos à elaboração dos vários Compromissos e Estatutos da Irmandade do Santíssimo Sacramento.
Série documental composta por um único livro com os registos relativos a recebimentos e pagamentos da responsabilidade do andador, indicando os rendimentos anuais provenientes das tochas e das sepulturas e a despesa anual da Irmandade do Santíssimo Sacramento. Os termos são registados pelo Andador e são assinados pelo escrivão da Mesa da Irmandade.
Série documental constituída por dois livros, com a conta corrente dos devedores e credores da Irmandade do Santíssimo Sacramento.
Série constituída por dois livros com registos da admissão de irmãos na Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, organizados cronologicamente. Os registos indicam a data do assento, o nome do irmão admitido, a morada, o estado civil e, se casado ou viúvo, o nome da esposa e a quantia entregue de jóia pela sua entrada. À margem do assento inscrevem-se diversas anotações, que variam conforme os casos: falecimento, ausência, mudança de morada ou estado civil, indicando, por vezes, as datas dos acontecimentos ou dos assentos. Os dois livros possuem ainda um índice alfabético inicial (no primeiro livro) ou final (no segundo), com o nome do irmão e a folha onde consta o respectivo assento.
Série constituída por três livros, organizados cronologicamente pela data de admissão na Irmandade. Os dois primeiros livros são impressos. O terceiro livro é diferente dos primeiros, reaproveitado de outro tipo de livro não utilizado e usado para o registo da descarga das quotas dos irmãos, mas os elementos informativos são os mesmos dos livros anteriores. A cada página corresponde os pagamentos relativos a cada um dos irmãos, no período a que respeitam. Os dois primeiros livros possuem índice inicial, com marcadores alfabéticos, indicando o nome do irmão e página em que se encontra o registo do livro de receita com o pagamento das quotas anuais.
Série constituída por um maço com a conta corrente da Irmandade com o Cofre da Colecta, relação das entregas de dinheiro dos rendimentos no Cofre da Colecta, relação dos rendimentos e dos encargos pios a que a Irmandade estava obrigada, contas das despesas com as obras de reedificação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação e expediente trocado entre a Irmandade e o Juízo da Colecta, incluindo ofícios, requerimentos, recibos, declarações e procurações.
Série constituída por um maço contendo conhecimentos ou recibos de juros dos padrões, de apólices e de capital mutuado e recibos de foros e rendas.
Série formada por um único livro, contendo os assentos dos termos de provimento de pessoas que trabalhavam para a Irmandade do Santíssimo Sacramento.
Série documental composta por um livro com o assento dos assuntos discutidos em reuniões da Mesa da Irmandade e que requereram votação: os provimentos de dotes a órfãs, eleições de cargos da Irmandade e Mesa, empréstimos a juro, entre outros.