A 8 de janeiro de 1942 Guilherme Braga da Cruz foi contratado para provimento do lugar de primeiro assistente, além do quadro, do primeiro grupo da Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra. Em 29 de dezembro de 1947 foi nomeado professor extraordinário e a 2 de agosto de 1948, após concurso, foi nomeado professor catedrático da Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra, do Grupo das Ciências Histórico-Jurídicas. Exerceu o cargo de professor secretário (1951-1955) e de professor bibliotecário (1957-1958) da Faculdade de Direito. Ministrou as cadeiras de História do Direito Português e História do Direito Romano. No pós-25 de abril de 1974 Guilherme Braga da Cruz foi fisicamente impedido de dar aulas, por deliberação plenária da "União dos Estudantes Comunistas", e depois foi suspenso das funções de professor, suspensão comunicada por ofício datado de 20 de agosto de 1975, sendo que a 9 de outubro de 1976, por despacho do subsecretário de Estado do Ensino Superior, o processo de "saneamento" foi arquivado.
Guilherme Braga da Cruz foi nomeado lugar-tenente de D. Duarte Nuno, duque de Bragança, em 1963, cargo que assumiu até 1965. Inclui também documentação reunida por Guilherme Braga da Cruz enquanto membro do Conselho da Lugar-tenência.
Guilherme Braga da Cruz foi convidado para fazer parte dos corpos dirigentes da Mocidade portuguesa em 1943, por Orlando Ribeiro, à data diretor do Centro Universitário de Coimbra da Mocidade Portuguesa. Com a transferência deste para a Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa, Guilherme Braga da Cruz assumiu a direção até 1951.
Guilherme Braga da Cruz tomou posse do cargo de reitor da Universidade de Coimbra a 13 de junho de 1961, após ter sido nomeado pelo ministro da Educação Nacional, Manuel Lopes de Almeida. Por inerência das funções de reitor, e por Portaria de 28 de junho de 1961 foi nomeado presidente da Comissão Administrativa do Plano de Obras da Cidade Universitária de Coimbra. Na sequência da chamada "crise académica" de 1962 e em aberta discordância com a solução encontrada pelo Governo para a mesma, Guilherme Braga da Cruz pediu a exoneração de funções do cargo de reitor ao ainda ministro da Educação Nacional, Manuel Lopes de Almeida, que iria ser substituído no cargo por Inocêncio Galvão Telles. A exoneração foi-lhe concedida em 6 de dezembro de 1962, tendo ainda visto aprovado o quadro de pessoal da Faculdade de Medicina. Para além da documentação inserida em séries, inclui documentação relativa a: Curso de férias de Universidade de Coimbra no Ultramar, realizado em Angola e Moçambique em setembro de 1961; doutoramentos "honoris-causa" de José de Azeredo Perdigão e Gilberto Freyre; assuntos relacionados com organismos académicos e com o V Colóquio Internacional de Estudos Luso-Brasileiros.