Guilherme Braga da Cruz matriculou-se na Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra no outono de 1932. Teve como professores Paulo Merêa, Luís Cabral de Moncada, Domingos Fezas Vital, Adriano Vaz Serra, Mário de Figueiredo, Manuel de Andrade, Fernando Andrade Pires de Lima, entre outros. De alguns foi "sebenteiro" reconhecido pelos colegas de curso, e de todos foi distinto aluno. Terminou a licenciatura em junho de 1937 com a tese “Algumas considerações sobre o instituto da ‘perfilatio’”, arrecadando 17 valores. De seguida, foi bolseiro do Instituto para a Alta Cultura em Paris (1938/1939) e em Madrid (1939/1940), fazendo a sua especialização em história do direito, consagrada com a tese de doutoramento em Ciências Histórico-Jurídicas intitulada "O direito da troncalidade e o regime jurídico do património familiar". As provas de doutoramento decorreram entre 17 e 22 de novembro de 1941, tendo sido aprovado com a classificação de "Muito Bom" e 18 valores.
Enquanto frequentou a licenciatura em Direito na Faculdade de Direito, Guilherme Braga da Cruz assistiu também, como aluno voluntário, a disciplinas ministradas na Faculdade de Letras, nomeadamente Epigrafia, Geografia Humana, História da Antiguidade Oriental, Grego e Alemão.
Guilherme Braga da Cruz foi convidado para fazer parte dos corpos dirigentes da Mocidade portuguesa em 1943, por Orlando Ribeiro, à data diretor do Centro Universitário de Coimbra da Mocidade Portuguesa. Com a transferência deste para a Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa, Guilherme Braga da Cruz assumiu a direção até 1951.
Guilherme Braga da Cruz tomou posse do cargo de reitor da Universidade de Coimbra a 13 de junho de 1961, após ter sido nomeado pelo ministro da Educação Nacional, Manuel Lopes de Almeida. Por inerência das funções de reitor, e por Portaria de 28 de junho de 1961 foi nomeado presidente da Comissão Administrativa do Plano de Obras da Cidade Universitária de Coimbra. Na sequência da chamada "crise académica" de 1962 e em aberta discordância com a solução encontrada pelo Governo para a mesma, Guilherme Braga da Cruz pediu a exoneração de funções do cargo de reitor ao ainda ministro da Educação Nacional, Manuel Lopes de Almeida, que iria ser substituído no cargo por Inocêncio Galvão Telles. A exoneração foi-lhe concedida em 6 de dezembro de 1962, tendo ainda visto aprovado o quadro de pessoal da Faculdade de Medicina. Para além da documentação inserida em séries, inclui documentação relativa a: Curso de férias de Universidade de Coimbra no Ultramar, realizado em Angola e Moçambique em setembro de 1961; doutoramentos "honoris-causa" de José de Azeredo Perdigão e Gilberto Freyre; assuntos relacionados com organismos académicos e com o V Colóquio Internacional de Estudos Luso-Brasileiros.