Incluíram-se nesta secção os conjuntos documentais relativos aos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, como as séries documentais de eleições e termos de posse dos membros da Mesa e outros cargos (1756-1959), promessas de jóias (1756-1779), livros de registo de entrada de novos irmãos (1771-1981), registo de irmãos falecidos (1888-1893), propostas de novos irmãos (1940-1997), colecção de cartas patente (1802-1978), ficheiro de irmãos (séc. XVIII-XIX), livros de anuais ou presidências (1771-1933), descarga das quotas dos irmãos (1985-1997), registo de provimentos das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com salário (1761-1829) e documentos relativos à cerimónia de tomada de posse dos mesários da Irmandade (1937), protocolo de cerimónias e procissões (séc. XX).
Nesta secção organizaram-se todos os conjuntos documentais produzidos pelos vários órgãos aos quais competia a administração da Irmandade do Santíssimo Sacramento: Mesa, Assembleia-geral e Comissão Administrativa: incluíram-se as séries de livros de registo das deliberações tomadas em reuniões de Mesa (1803-1893), determinações da Mesa (1757-1834), Acórdãos da Mesa da Irmandade (1698-1828), das actas das reuniões da Assembleia-geral (1866-1893 e 1978-1997), da série de livros de registos comuns à Mesa e à Assembleia-geral (1894-2000), a de actas das sessões da Comissão Administrativa da Irmandade (1911-1912) e a série de registo de presenças nas reuniões da Assembleia-geral da Irmandade (1892-1955 e 1982-1998).
Esta secção integra os documentos que testemunham a actividade assistencial do Montepio Eclesiástico do Reino, a saber: a série de registo das visitas aos irmãos pobres doentes - o Livro Privativo do Visitador (1845-1856).
Secção documental integrando uma série relativa à constituição e divulgação da Comissão Propagadora do Montepio Eclesiástico do Reino (1845).
O recebimento de bens espirituais surge no Código de Direito Canónico como um direito consagrado aos fiéis, sobretudo através da “palavra de Deus e dos sacramentos” (Cân. 213). Do exercício da celebração dos sacramentos e do ensino da doutrina cristã católica através da catequese ministrada na Paróquia de São Nicolau, resulta documentação para fins de controlo, validação, posterior registo e legitimação.
Paróquia de São NicolauDocumentação referente à gestão das finanças pessoais de Ruy Cinatti, nomeadamente extratos bancários, copiadores de cheques, comprovativos de pagamentos efetuados, guias de receita, apontamentos de registo e controlo de despesas.
Foram integrados nesta secção os conjuntos documentais referentes aos irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas, a saber: as séries de assentos de irmãos (1756-1878), relações nominais de irmãos (1826-1870), cartas patente dos irmãos (1826-1867) e livros de presidências ou anuais (1826-1870).
Estão incluídos nesta secção os documentos produzidos pelos vários órgãos aos quais competia a administração da Irmandade de S. Miguel e Almas - a Mesa e a Junta Grande ou Assembleia-geral da Irmandade: os Acórdãos e Resoluções da Mesa (1826-1860), as Actas das sessões da Mesa (1860-1892), os Despachos da Mesa (1826-1893) e os livros de Pautas para as eleições dos membros da Mesa (1826-1856).
Da organização inicial do Cartório da Irmandade do Santíssimo Sacramento possuímos um inventário que descreve especificamente os livros e papéis existentes no Cartório, datado de 1820, em que os documentos estavam organizados em maços por armários. Existe ainda um inventário de bens da Irmandade realizado pelo Procurador da Mesa entre 1857 e 1859, que contempla também os documentos do Cartório. Foi com esta última organização que alguns dos documentos chegaram até aos nossos dias e que seguimos para reorganizar os restantes. Neste último inventário estão descritos documentos organizados em maços e agrupados em sete séries documentais diferentes, com as seguintes designações, que foram mantidas nos títulos das séries: 4 maços de “Títulos”, 3 maços de “Devedores”, um de “Credores”, 3 “Maços de Differentes Objectos”, um de “Relação d'Arrendamentos - Relações d'Inquilinos”, um “Maço de Conhecimentos” e um “Maço da Colecta”.
Série constituída pelo conjunto de desenhos ou plantas e alçados do edifício e partes do edifício ou desenhos de ornamentos destinados à Igreja, que foram acondicionadas separadamente da documentação textual, unicamente por razões de preservação. Aos desenhos ou plantas idênticos foram atribuídas referências iguais, acrescentada de uma letra (a, b, c, …), ou indicada em nota a localização dos originais e cópias.
Documentação respeitante à obra literária de Ruy Cinatti, nomeadamente versões preparatórias e finais de prosas, poemas, autos e traduções. Alguns destes trabalhos escritos são assinados por Júlio Celso Delgado, pseudónimo utilizado por Ruy Cinatti.
Engloba, também, autorizações de publicação, contratos com editoras, apontamentos, diplomas de prémios recebidos, guias de remessa, bem como estudos e comentários sobre a obra de Ruy Cinatti.
Integra, ainda, desenhos da autoria de Ruy Cinatti.
Inclui, por fim, trabalhos de poesia, prosa, teatro, cinema pertencentes a outros autores.
Secção que não estava prevista na circular de maio de 1937, mas que foi constituída por convite dirigido ao Arq. António Lino e depois ao Eng. Mello e Castro. Integra a documentação relativa à construção do Monumento, nomeadamente: estudos e relatórios de geologia; projetos de arquitetura e de engenharia; projetos das instalações elétricas; documentos da modelação da figura; processos relativos à aquisição e instalação do elevador; correspondência sobre questões técnicas; e mapas das quantidades de cimento empregues na construção. Inclui ainda recortes de jornais, reportagens fotográficas e diversas publicações técnicas.
Conjunto documental relativo ao exercício do poder de governo do reitor, estruturado em cinco subsecções. O Decreto de Ereção Canónica, de 27 de maio de 1957, define três delas, sendo posteriormente necessário autonomizar uma outra relativa aos assuntos da administração do pessoal, ultimamente, devido ao novo enquadramento da concordata de 18 de maio de 2004, foi criada uma nova subsecção que integra a documentação produzida segundo as respetivas disposições. Assim, a primeira subsecção reúne os atos de administração geral, a segunda a administração do pessoal, a terceira as questões patrimoniais, a manutenção do Monumento e a construção de novas instalações, a quarta é consagrada à administração económica até 2004 e a quinta trata igualmente da administração económica, conforme as normas da Concordata de 2004.