Esta série é composta por 16 livros com os assentos das sessões da Mesa e também da Assembleia-geral da Irmandade do Santíssimo Sacramento até 1978. Depois de 1978, as actas da Assembleia-geral aparecem registadas em livros à parte, na série com o título Actas das Sessões das Assembleias-gerais ordinárias e extraordinárias (ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/06). As actas estão organizadas internamente por ordem cronológica da data da reunião. Os assuntos tratados em Mesa da Irmandade consistiram sobretudo em discussão dos orçamentos ordinários e suplementares para o ano seguinte, exame das contas relativas ao ano económico findo, aquisição de inscrições, recebimento de ofertas, donativos e legados, aprovação das despesas extraordinárias como festividades, obras e outras, revisão de inventários, inquilinos e arrendamento das propriedades, contribuição predial, entre outros. Os assuntos discutidos na Assembleia-geral consistiram essencialmente na aprovação da entrada de novos irmãos, aprovação dos Relatórios e Contas da Irmandade, eleição da Mesa e do Conselho de Definição, estado financeiro da Irmandade e do Cofre dos Socorros, seguro do edifício, preparação e aprovação de novos Estatutos, entre outros.
Série documental constituída por dois livros de recibos do Cofre dos Socorros da Irmandade do Santíssimo Sacramento, sendo que o segundo livro não foi utilizado e o primeiro possui apenas doze recibos utilizados, entre 1894 e 1910.
Série formada por uma colecção de trinta e seis cadernetas, reunidas em seis maços, contendo os canhotos dos recibos de quotas pagas pelos irmãos. As cadernetas estão organizadas cronologicamente por anos civis, até 1909. Depois desta data apresentam os recibos de vários anos. Falta a caderneta relativas ao ano de 1903 e as que correspondem aos anos de 1940 e 1942 a 1970. Podem estar incompletos os anos de 1937 a 1939, 1941 e 1971. Cada talão da caderneta apresenta os seguintes elementos: referência ao Livro dos Anuais (número e folha respectiva), certificação do pagamento pelo irmão indicando o nome, quantia satisfeita, ano a que respeita a quota paga, data e assinaturas do escrivão e do tesoureiro da Irmandade.
Série documental constituída por dois livros contendo o registo das contas da receita e despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento relativas ao Cofre dos Socorros, no período entre 1893 e 1935. De acordo com as Instruções do Governo Civil de 12 de Dezembro de 1843 e de 1859, o Livro de Contas regista as contas do Cofre dos Socorros, organizadas por verbas orçamentais, indicando a designação da verba e valor total anual. Apresenta, conforme as referidas Instruções, um termo de encerramento das contas depois de confrontadas com os livros diários, indicando os valores da despesa e receita por extenso, sendo assinado por todos os membros da Mesa. De 1893 a 1909 todos os assentos possuem ainda uma anotação da aprovação das contas pela autoridade competente, indicando a data da sessão da sua aprovação e sendo rubricada pelo 1.º escrivão da Irmandade. Os registos do primeiro livro foram interrompidos depois da entrega de contas da Comissão Administrativa à nova Mesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento em 1911, ficando o resto do livro em branco.
Série documental constituída por três livros contendo os assentos diários da receita e despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento, referentes ao Cofre dos Socorros.
Série documental constituída por dois livros que serviam para os irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento assinarem os seus nomes, quando se realizavam reuniões da Assembleia-geral da Irmandade, comprovando-se assim a sua presença nas mesmas.
Série documental constituída por um livro contendo os modelos dos requerimentos destinados a proceder à liquidação dos encargos pios a cargo da irmandade e as contas dos legados pios de diversos beneméritos.
Série documental constituída por um livro, apresentando o registo de ordens de pagamento, organizado por verbas orçamentais.
Série constituída por um único livro em que se registam os falecimentos dos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação. Os registos encontram-se organizados cronologicamente.
Série constituída por um único livro com o registo do termo de admissão de irmão do Príncipe D. Carlos na Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação em 1885, a convite da mesma Irmandade.
Aqui se inclui a colecção da correspondência recebida pela Irmandade do Santíssimo Sacramento. Falta a correspondência que respeita aos anos de 1895 a 1911 e de 1959 a 1977. Alguns documentos apresentam o despacho da Mesa relativamente ao(s) assunto(s) tratado(s). Por vezes inclui também minutas e cópias das respostas às cartas, ofícios ou requerimentos recebidos. Existe uma subsérie documental constituída por correspondência trocada com o Patriarcado, referente aos anos entre 1934 e 1993, com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GA/02/01.
Esta série inclui dois estudos e projectos de acabamento ou remodelação e um relatório de vistoria ao estado de conservação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação: o projecto de obra de acabamento da frontaria da Igreja em 1866-1867, o projecto promovido pela Irmandade para remodelação e ampliação dos anexos da Igreja em 1984 e o relatório da vistoria realizada antes da construção do parque de estacionamento subterrâneo, na Praça Luís de Camões, em 1999.
Série composta por dois livros. Os assuntos são diversos, versando sobre eleição de nova Mesa, apreciação dos Relatórios e Contas apresentadas pela Mesa, projectos de obras, alterações ao Compromisso, questões com o Prior da Paróquia, aumento de ordenados, entre outros. Nos livros que compõem a série seguinte - Actas das Sessões da Mesa e Assembleia-geral (ver série com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/OA/05) surgem registadas actas da Assembleia-geral da Irmandade, de 1894 a 1978, interpoladas com as actas das sessões da Mesa da Irmandade. De 1978 em diante as actas da Assembleia-geral encontram-se registadas nos livros que compõem a série com o título - Actas das Sessões das Assembleias-gerais ordinárias e extraordinárias (ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/06).
Contém documentos referentes à posse e venda, pela Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação, de diversas propriedades, na Rua da Atalaia, Rua da Cruz, prédio anexo à Igreja e outros documentos que provam o direito de posse do pátio e anexos à Igreja, assim como do direito de servidão de acesso pelo prédio localizado no Largo do Chiado. Inclui ainda uma avaliação da propriedade da Igreja e anexos, datada de 1937.
Série constituída por um relatório apresentado pelo Secretário da Comissão Administrativa em 1859, descrevendo a entrega dos bens que constituíam propriedade da Irmandade. A entrega é realizada pela Mesa da Irmandade dissolvida à Comissão Administrativa.