Organizado inicialmente como um Livro Caixa (tipo partidas dobradas), em que se indicava a data, o descritivo da receita ou da despesa e os valores em papel, em moeda e o total. A partir de 1844 descrevem-se a receita e despesa classificada pelas diferentes espécies de receita ou de despesa, segundo as Instruções emanadas do Governo Civil de 1838 e 1843 e passa a designar-se por Conta Geral da Receita e Despesa. O segundo livro já está organizado também por espécies, ou rubricas, do orçamento. As Contas são anuais, procedendo-se ao ajuste das contas pela Mesa da Irmandade, que depois eram enviadas para o Conselho de Distrito para aprovação. No final da folha do termo de ajuste, era assente a data da sessão do Conselho em que as Contas da Irmandade eram aprovadas. Faltam as contas de 1859 a 1878.
A contribuição para a obra realizada no altar de São Miguel foi solicitada aos irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas por Circular de 1868-04-19, após resolução tomada em Junta Grande. Este conjunto compõe-se de vários cadernos e folhas soltas relativas às contas da obra do Altar, incluindo as despesas com a sua execução e as receitas provenientes das contribuições dos irmãos.
Série documental constituída por um maço de documentos com diversas contas de receita e despesa da Irmandade dos Clérigos Pobres, rascunhos das contas e alguns recibos comprovativos de despesa.
Esta série é composta por sete livros, em que se transcreve toda a correspondência expedida pela Irmandade do Santíssimo Sacramento, organizada cronologicamente pela data de expedição. Os tipos documentais e assuntos são variados: ofícios, avisos, conta geral, cartas, exame das contas de testamentarias, exame dos autos de execução, anúncios colocados na imprensa, circulares aos definidores ou aos irmãos, informações sobre os pedidos ou requerimentos à Irmandade, procurações para celebração de escrituras, representações ao Cardeal Patriarca, entre outros. Alguns dos livros apresentam índice: o segundo numa folha em anexo e o terceiro, o quinto (este encontra-se em branco) e sexto estão integrados nos livros, organizados com recurso a marcadores alfabéticos, inscrevendo-se os nomes das entidades e/ou indivíduos a quem foi enviada a correspondência.
Contém as cópias das cartas e ofícios enviados pela Irmandade: aos irmãos (normalmente relativas a aceitação de cargos e quotas em atraso), à Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, ao Administrador do Bairro Alto (remetendo as Contas de gerência e o Orçamento Anual da Irmandade, que também vêm transcritas no livro), entre outros destinatários.
Série composta por um livro, utilizado pelo Procurador da Mesa da Irmandade de S. Miguel e Almas para registar os recibos mensais do Capelão, do Andador e os recibos das missas rezadas por alma dos irmãos falecidos. Em cada mês estes assinavam no livro, comprovando o recebimento e no fim de cada ano passavam o recibo geral em papel selado.
Série documental constituída por um maço de correspondência recebida dos sócios do Montepio Eclesiástico do Reino.
Aqui se inclui a colecção da correspondência recebida pela Irmandade do Santíssimo Sacramento. Falta a correspondência que respeita aos anos de 1895 a 1911 e de 1959 a 1977. Alguns documentos apresentam o despacho da Mesa relativamente ao(s) assunto(s) tratado(s). Por vezes inclui também minutas e cópias das respostas às cartas, ofícios ou requerimentos recebidos. Existe uma subsérie documental constituída por correspondência trocada com o Patriarcado, referente aos anos entre 1934 e 1993, com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GA/02/01.
Correspondência recebida e expedida pela Irmandade de S. Miguel e Almas.
Série constituída por dois maços, o primeiro integrando documentos de diversas tipologias, a saber: decretos, portarias, provisões, contratos, escrituras, sentenças, procurações, conta corrente de dívidas, relações de dívidas, de recibos de despesas e férias das obras, de pagamentos a credores, de esmolas e de donativos, resumo das apólices e títulos, requerimentos, informações, exposições, ofícios e cartas, sendo a maior parte originais e outros cópias, traslados ou certidões. O segundo maço integra apenas apólices relativas ao Empréstimo Gratuito, tendo sido separado em data incerta, mas o seu desmembramento assente no livro de inventário de bens da Irmandade de 1857 (ver livro ref.ª PT-INSE-ISSIE/GP/IN/01-02).
Série documental constituída por um livro, registando os diversos encargos que a Irmandade do Santíssimo Sacramento era obrigada a satisfazer anualmente, instituídos por diversos benfeitores, como sejam: capelas, missas, missas cantadas, dotes, esmolas aos enfermos, pobres e/ou presos; culto dos santos; celebração de festividades, como as de S. Sebastião, Nossa Senhora da Encarnação e Corpo de Deus; celebração dos ofícios da Semana Santa, Lausperene, Domingos e Dias Santos; sufrágios pelas Almas dos irmãos falecidos; pagamentos de ordenados aos empregados e prestadores de serviços (andador, sineiro, procurador agente, escriturário, capelães, sacristão, com as suas opas e sobrepelizes); outras despesas diversas da responsabilidade do Tesoureiro ou do Procurador; despesas da Fábrica, entre outras.
Série constituída por um único livro destinado ao controlo do pagamento das quotas anuais pelos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento.
Conjunto de requerimentos, ofícios e outros documentos relativos a assuntos tratados em Mesa, sobre os quais foi colocado o despacho com a resolução tomada sobre os mesmos. Tratam de assuntos diversos como: impedimento de irmãos para o exercício dos cargos para que foram eleitos, aumento de salários, certidões de tomada de posse, pedidos de irmãos ou seus familiares para serem aceites como pobres, ofícios do regedor da paróquia relativos a ordens que a Irmandade deveria cumprir, ofícios da Administração do Bairro Alto para se proceder à organização do orçamento conforme as circulares enviadas, entre outros.
Série documental constituída por um livro contendo os assentos das folhas da obra de construção da Igreja, entre 1790 e 1803, realizados pelo Tesoureiro Francisco António Colffs. Existem outros livros de despesa com as obras de reedificação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação que constituem a série com ref.ª PT-INSE-ISSIE/GP/OI/01.
Série documental constituída por um livro, contendo os assentos da despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento, realizados por Francisco António Colffs, Tesoureiro da mesma Irmandade, entre 1790 e 1803.