Série documental composta por um livro com o assento dos assuntos discutidos em reuniões da Mesa da Irmandade e que requereram votação: os provimentos de dotes a órfãs, eleições de cargos da Irmandade e Mesa, empréstimos a juro, entre outros.
Série composta por dois livros. Os assuntos são diversos, versando sobre eleição de nova Mesa, apreciação dos Relatórios e Contas apresentadas pela Mesa, projectos de obras, alterações ao Compromisso, questões com o Prior da Paróquia, aumento de ordenados, entre outros. Nos livros que compõem a série seguinte - Actas das Sessões da Mesa e Assembleia-geral (ver série com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/OA/05) surgem registadas actas da Assembleia-geral da Irmandade, de 1894 a 1978, interpoladas com as actas das sessões da Mesa da Irmandade. De 1978 em diante as actas da Assembleia-geral encontram-se registadas nos livros que compõem a série com o título - Actas das Sessões das Assembleias-gerais ordinárias e extraordinárias (ref.ª PT-INSE-ISSIE/AO/06).
Foi nomeada uma Comissão Administrativa por Alvarás do Governo Civil de Lisboa, datados de 21 de Outubro e 15 de Dezembro de 1858 (Ver Livro de Actas n.º 1, f. 121 v.º e Livro de Posses f. 120). A Comissão Administrativa tinha como missão principal a elaboração de um novo Compromisso para a Irmandade do Santíssimo Sacramento. Esta Comissão funciona até 1862, organizando a eleição da nova Mesa da Irmandade, que iniciaria funções a partir daquela data, quando acabassem os trabalhos da Comissão, o que veio a suceder na sessão de 10 de Julho de 1862, estando presente também a Mesa entretanto eleita (Ver Livro de Actas n.º 2, f. 36 v.º). Os maços de documentos que constituem esta série, embora de origem e conteúdos diferentes, foram organizados pela Comissão Administrativa no âmbito da sua actividade.
Série documental constituída pela colecção de exemplares dos compromissos e estatutos pertencentes a outras irmandades e confrarias que serviram de base, ou como exemplo, à elaboração de estatutos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação.
Aqui se inclui a colecção da correspondência recebida pela Irmandade do Santíssimo Sacramento. Falta a correspondência que respeita aos anos de 1895 a 1911 e de 1959 a 1977. Alguns documentos apresentam o despacho da Mesa relativamente ao(s) assunto(s) tratado(s). Por vezes inclui também minutas e cópias das respostas às cartas, ofícios ou requerimentos recebidos. Existe uma subsérie documental constituída por correspondência trocada com o Patriarcado, referente aos anos entre 1934 e 1993, com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GA/02/01.
Série composta apenas por um livro, constituído segundo a art.º 108.º do Regulamento Geral das Associações de Fiéis, sem registos.
Série documental constituída por dezassete livros, com os registos de receita e despesa da Fábrica da Igreja Paroquial de Nossa Senhora da Encarnação, respeitando, cada um destes livros, a um ou mais anos económicos, apresentando as contas do irmão tesoureiro respeitantes à gestão económica da Igreja. A apresentação das verbas de receita e despesa da Fábrica é realizada da mesma forma que nos livros dos livros da receita e despesa da Irmandade (ver séries com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GF/03, PT-INSE-ISSIE/GF/03/01 e PT-INSE-ISSIE/GF/03/02). Inclui, como nas séries referidas, um resumo da receita e um resumo da despesa no final de cada ano económico ou quando se verifica mudança de tesoureiro, um termo de encerramento da conta, assinado pelo juiz, procurador da Mesa, procurador da Irmandade e pelo escrivão, este último também responsável pela escrita dos livros, assinando, juntamente com o tesoureiro, os registos de recebimentos e pagamentos. Os livros 1 a 3 apresentam também um índice inicial, com um alfabeto da receita e um da despesa, separados, referentes a cada um destes livros, fazendo referência à receita e à despesa e indicando o fólio respectivo.
Série documental constituída por quatro livros em que se lançam as verbas da receita e despesa da Fábrica da Igreja, continuando cronologicamente a série com a ref.ª PT-INSE-ISSIE/GF/04, apresentando uma disposição diferente da informação. Em 1804, os pagamentos e recebimentos relativos à Fábrica da Igreja passam a ser da responsabilidade do Procurador da Mesa e não do Tesoureiro da Irmandade.
Série documental composta por dois livros de registo dos conhecimentos entregues ao Procurador da Mesa (1814-1817), no primeiro livro, e ao Tesoureiro da Irmandade (1820-1846), no segundo livro.
Série documental constituída por nove livros, com registos relativos ao período compreendido entre 1822 e 1945. Entre 1822 e 1843, correspondendo ao primeiro livro e parte do segundo, os assentos da receita e despesa estão todos descriminados, correspondendo a cada entrada e saída de valores do Cofre da Irmandade. A partir de 1844, conforme as Instruções do Governo Civil de Lisboa de 12 de Dezembro de 1843, o registo descriminado da receita e despesa consta do livro "Diário". Neste livro de Contas a receita e despesa aparecem com os valores acumulados anualmente, por verbas orçamentais. No final de cada ano económico apresenta-se um termo de encerramento da conta da receita e despesa, assinado pelos membros da Mesa da Irmandade. O Livro de Contas era enviado, juntamente com os orçamentos e com os documentos de despesa, devidamente numerados e organizados em maços, também por verbas orçamentais, ao Administrador do Bairro Alto que, depois do seu exame e conferência, enviava para aprovação ao Conselho de Distrito, que registava no Livro de Contas um termo do Acórdão de aprovação das contas pelo referido Conselho. Entre 1844 e 1859 eram enviados também os Livros "Diário", situação que se alterou com as Instruções do Governo Civil de 1859.
Série documental constituída por um livro com canhotos e talões de guias de receita. Os canhotos utilizados foram retirados do livro e ficaram apenas as guias em branco.
Série documental constituída por um livro, contendo os assentos da despesa da Irmandade do Santíssimo Sacramento, realizados por Francisco António Colffs, Tesoureiro da mesma Irmandade, entre 1790 e 1803.
Diversos rascunhos, cópias, borrões e relações de inventários de bens, aditamentos aos inventários e rectificações, que foram transcritos de ou para os livros de inventário respectivos.
Correspondência trocada entre a Irmandade e os inquilinos das casas anexas à Igreja e das lojas da Rua do Alecrim, de que a Irmandade era a proprietária.
Esta série inclui dois estudos e projectos de acabamento ou remodelação e um relatório de vistoria ao estado de conservação da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação: o projecto de obra de acabamento da frontaria da Igreja em 1866-1867, o projecto promovido pela Irmandade para remodelação e ampliação dos anexos da Igreja em 1984 e o relatório da vistoria realizada antes da construção do parque de estacionamento subterrâneo, na Praça Luís de Camões, em 1999.