Incluíram-se nesta secção os conjuntos documentais relativos aos irmãos da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, como as séries documentais de eleições e termos de posse dos membros da Mesa e outros cargos (1756-1959), promessas de jóias (1756-1779), livros de registo de entrada de novos irmãos (1771-1981), registo de irmãos falecidos (1888-1893), propostas de novos irmãos (1940-1997), colecção de cartas patente (1802-1978), ficheiro de irmãos (séc. XVIII-XIX), livros de anuais ou presidências (1771-1933), descarga das quotas dos irmãos (1985-1997), registo de provimentos das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com salário (1761-1829) e documentos relativos à cerimónia de tomada de posse dos mesários da Irmandade (1937), protocolo de cerimónias e procissões (séc. XX).
Nesta secção organizaram-se todos os conjuntos documentais produzidos pelos vários órgãos aos quais competia a administração da Irmandade do Santíssimo Sacramento: Mesa, Assembleia-geral e Comissão Administrativa: incluíram-se as séries de livros de registo das deliberações tomadas em reuniões de Mesa (1803-1893), determinações da Mesa (1757-1834), Acórdãos da Mesa da Irmandade (1698-1828), das actas das reuniões da Assembleia-geral (1866-1893 e 1978-1997), da série de livros de registos comuns à Mesa e à Assembleia-geral (1894-2000), a de actas das sessões da Comissão Administrativa da Irmandade (1911-1912) e a série de registo de presenças nas reuniões da Assembleia-geral da Irmandade (1892-1955 e 1982-1998).
Esta secção integra os documentos que testemunham a actividade assistencial do Montepio Eclesiástico do Reino, a saber: a série de registo das visitas aos irmãos pobres doentes - o Livro Privativo do Visitador (1845-1856).
Secção documental integrando uma série relativa à constituição e divulgação da Comissão Propagadora do Montepio Eclesiástico do Reino (1845).
Foram integrados nesta secção os conjuntos documentais referentes aos irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas, a saber: as séries de assentos de irmãos (1756-1878), relações nominais de irmãos (1826-1870), cartas patente dos irmãos (1826-1867) e livros de presidências ou anuais (1826-1870).
Estão incluídos nesta secção os documentos produzidos pelos vários órgãos aos quais competia a administração da Irmandade de S. Miguel e Almas - a Mesa e a Junta Grande ou Assembleia-geral da Irmandade: os Acórdãos e Resoluções da Mesa (1826-1860), as Actas das sessões da Mesa (1860-1892), os Despachos da Mesa (1826-1893) e os livros de Pautas para as eleições dos membros da Mesa (1826-1856).
Da organização inicial do Cartório da Irmandade do Santíssimo Sacramento possuímos um inventário que descreve especificamente os livros e papéis existentes no Cartório, datado de 1820, em que os documentos estavam organizados em maços por armários. Existe ainda um inventário de bens da Irmandade realizado pelo Procurador da Mesa entre 1857 e 1859, que contempla também os documentos do Cartório. Foi com esta última organização que alguns dos documentos chegaram até aos nossos dias e que seguimos para reorganizar os restantes. Neste último inventário estão descritos documentos organizados em maços e agrupados em sete séries documentais diferentes, com as seguintes designações, que foram mantidas nos títulos das séries: 4 maços de “Títulos”, 3 maços de “Devedores”, um de “Credores”, 3 “Maços de Differentes Objectos”, um de “Relação d'Arrendamentos - Relações d'Inquilinos”, um “Maço de Conhecimentos” e um “Maço da Colecta”.
Série constituída pelo conjunto de desenhos ou plantas e alçados do edifício e partes do edifício ou desenhos de ornamentos destinados à Igreja, que foram acondicionadas separadamente da documentação textual, unicamente por razões de preservação. Aos desenhos ou plantas idênticos foram atribuídas referências iguais, acrescentada de uma letra (a, b, c, …), ou indicada em nota a localização dos originais e cópias.
Série constituída por dois livros “especiais” pertencentes à Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja de Nossa Senhora da Encarnação: o livro de Memórias Úteis e o da Genealogia da Condessa de Pontével, fundadora da Igreja e Freguesia de Nossa Senhora da Encarnação.
Esta secção é constituída pelos conjuntos documentais que certificam a actividade financeira do Montepio Eclesiástico do Reino, a saber: os documentos comprovativos da receita e despesa do Montepio (1846-1860), as contas da receita e despesa e relatório da Junta Administrativa do Montepio (1855-1856) e os recibos do pagamento de quotas dos sócios do Montepio (1857-1860).
Integra esta secção o conjunto documental referente aos sócios do Montepio Eclesiástico do Reino, constituído por uma relação dos sócios (1845).
Esta secção integra a documentação referente aos irmãos da Irmandade dos Clérigos Pobres, constituída por uma série de cartas patente de irmãos (1843-1877).
Secção constituída apenas pelo documento relativo à constituição, regulamentação e organização da Irmandade de S. Miguel e Almas da Freguesia da Encarnação de Lisboa - o Compromisso da Irmandade (1830-1832).
Nesta secção reuniram-se os documentos relativos ao controlo do expediente da Irmandade de São Miguel e Almas, como as séries de copiadores de correspondência expedida (1860-1868) e a colecção de correspondência recebida e expedida pela Irmandade (1828-1892).
Esta secção reúne os conjuntos documentais respeitantes à gestão administrativa da Irmandade do Santíssimo Sacramento: as séries de copiadores de correspondência expedida (1822-1827 e 1862-1936), a colecção de correspondência recebida e expedida (entre 1866 e 1995), incluindo uma colecção da correspondência trocada entre a Irmandade e o Patriarcado (1934-1993). Existe ainda um livro destinado ao registo da correspondência recebida, mas sem nenhum assento.