O Santuário recebe dois tipos de reclamações, umas acerca do funcionamento do sector comercial, e outras relativas a questões da parte religiosa. As primeiras são tratadas de acordo com legislação portuguesa, designadamente o DL nº 167/97 de 6 de maio, que determinava o envio dos originais à Divisão de Turismo da Câmara Municipal de Almada e posteriormente o DL nº 156/2005 de 15 de setembro, alterado pelo DL nº 371/2007 de 6 de novembro que determinam o envio dos originais à ASAE. As segundas são registadas em livro próprio e tratadas pelo reitor. Assim a documentação integra os livros colocados à disposição do público para apresentar as reclamações bem como a correspondência com a Divisão de Turismo da CMA, com a ASAE e com os queixosos de forma a atender as razões das queixas, explicar determinados condicionalismos próprios da estrutura do Monumento e do funcionamento do elevador ou informar sobre as medidas tomadas para eliminar as causas que estiveram na origem das reclamações.