O Compromisso da Irmandade indica o modo como se deviam aceitar novos irmãos e quais as suas obrigações e direitos, a forma como se devia proceder à eleição dos membros da Mesa e as obrigações de cada um. Indica ainda a forma como deviam ser escolhidos e os deveres das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com ordenado, as condições em que podiam ser aceites irmãos como pobres e em que condições os irmãos em geral podiam ser expulsos, como proceder em caso da morte de um irmão, entre outros. Série constituída apenas por um livro, organizado em sessenta e dois artigos divididos por vinte e um capítulos. No final tem o termo de aprovação pela Junta Grande da Irmandade do Arcanjo S. Miguel e Almas da Freguesia de Nossa Senhora da Encarnação, com as assinaturas de todos os irmãos presentes e Carta Régia de Confirmação do Compromisso, datada de 18 de Fevereiro de 1832.
Capítulo 1.º Da acceitação dos Irmãos, suas qualidades, e obrigações (f. 1); Capítulo 2.º Da Eleição da Mesa (f. 2); Capítulo 3.º Das obrigações do Irmão Juiz (f. 3); Capítulo 4.º Das obrigações dos Irmãos Assistentes (f. 3 v.º); Capítulo 5.º Das obrigações do Irmão Secretario (f. 3 v.º); Capítulo 6.º Das obrigações do Irmão Segundo Secretário (f. 4 v.º); Capítulo 7.º Das obrigações do Irmão Procurador da Irmandade (f. 4 v.º); Capítulo 8.º Das obrigações do Irmão Procurador da Mesa (f. 5 v.º); Capítulo 9.º Das obrigações do Irmão Thezoureiro (f. 6); Capítulo 10.º Das obrigações do Irmão Enfermeiro (f. 6 v.º); Capítulo 11.º Das obrigações dos Irmãos Mordomos (f. 7); Capítulo 12.º Das obrigações do Irmão Conselheiro (f. 7); Capítulo 13.º Das Joias que devem pagar os supraditos Mesarios (f. 7 v.º); Capítulo 14.º Das obrigações dos Irmãos em comum (f. 7 v.º); Capítulo 15.º Das obrigações dos Padres Capellães e sua acceitação (f. 8); Capítulo 16.º Das obrigações de Mesa em commum (f. 9); Capítulo 17.º Do que a Mesa não pode fazer sem convocar Junta (f. 9 v.º); Capítulo 18.º Do que se deve obrar com os Irmãos pobres (f. 10); Capítulo 19.º Da causa porque os Irmãos devem ser expulsos (f. 10); Capítulo 20.º Do que se deve obrar no falecimento de algum Irmão (f. 10 v.º); Capítulo 21.º Das obrigações do Andador (f. 11 v.º). Não possui preâmbulo. Apresenta o Termo de aprovação em Junta da Irmandade de S. Miguel e Almas em 5 de Setembro de 1830 (f. 12 v) e Carta Régia de confirmação do Compromisso em 18 de Fevereiro de 1832 (f. 14). Registado a 1832-02-21.
Correspondência recebida e expedida pela Irmandade de S. Miguel e Almas.
Contém as cópias das cartas e ofícios enviados pela Irmandade: aos irmãos (normalmente relativas a aceitação de cargos e quotas em atraso), à Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, ao Administrador do Bairro Alto (remetendo as Contas de gerência e o Orçamento Anual da Irmandade, que também vêm transcritas no livro), entre outros destinatários.
Copiador de toda a correspondência recebida e expedida pela Irmandade de S. Miguel e Almas. Correspondência organizada por ordem cronológica, com numeração seguida de 1 a 42. Possui termos de abertura e encerramento.
Correspondência recebida e expedida pela Irmandade. Incluem diversas tipologias, como cartas, ofícios e requerimentos, de e para diferentes destinatários como o Patriarcado, Regedoria e Junta da Paróquia da Freguesia da Encarnação, Irmandade do Santíssimo Sacramento, Administrador do Bairro Central e irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas. Os assuntos são também diversos: pagamento de quotas, falecimento ou doença de irmãos, aceitação ou escusas de cargos na Irmandade, contribuição da Irmandade para as despesas na condução dos doentes em macas para o Hospital de S. José, contas e orçamentos da Irmandade, incorporação na Irmandade do Santíssimo Sacramento, entre outros.
Para o Cofre dos Pobres era canalizada parte da receita obtida com a entrada de novos irmãos (Compromisso, Cap.1.º, §4.º - que determinava a quantia de 240 réis.) e da receita obtida de parte da jóia paga por cada um dos irmãos mesários (Idem, Cap.13.º, §1.º). Em relação a cada referência de receita ou despesa apresenta a data, o descritivo da receita ou da despesa, a referência ao Livro Caixa (folha e número) e o valor recebido ou despendido.
Livro de partidas dobradas Deve/Haver. Indica-se a data, descritivo da receita, referência ao Livro Caixa (folha e número) e o valor recebido.
Livro Caixa até 1843, com registos de receita e despesa. Os registos constam de data (ano, mês e dia), descritivo da receita / despesa e colunas de valores em papel, metal e total. As folhas estão encabeçadas pelo título: Caixa da Irmandade de São Miguel e Almas. A partir de 1844 começa novo tipo de registo, com a receita e a despesa classificada pelas suas diferentes “espécies” ou verbas. Tem termo de aprovação das contas no final de cada ano. Tem Auto de Conta da Irmandade (f. 61 v.º-62), segundo as Instruções e modelo apresentados em 8 de Agosto de 1838 e 12 de Novembro de 1843. Contém as contas de receita e despesa da Irmandade de S. Miguel e Almas de 1826 a 1859. A conta de 1859 tem o termo de aprovação datado de 1860-04-15, seguido do Auto de tomada de contas pelo Administrador do Bairro Alto datado de 1863-03-11 e o Acórdão do Conselho de Distrito, assinado pelo Governador Civil e membros do Conselho, em 1863-05-05 (f. 91). Possui dois termos de abertura, um assinado pelo juiz da Irmandade António Mazziotti, datado de 1826-03-08 e outro pelo Administrador do Bairro Alto, datado de 1842-09-17. Os fólios são também numerados e rubricados duas vezes pelos mencionados acima, com numerações diferentes (respectivamente 94 e 97 folhas). Tesoureiros: Simão José de Oliveira (1826-1832); António Mazziotti Júnior (1832-1843); Manuel Joaquim dos Santos (1843).
Apresenta o título seguinte, no cimo da folha inicial da conta anual: “Conta Geral de toda a receita e despesa da Irmandade de S. Miguel e Almas erecta na Freguesia de Nossa Senhora da Encarnação classificada pelas suas differentes espécies”. O Registo da Conta apresenta a Receita no lado esquerda e a Despesa no lado direito da folha, com a descriminação das verbas e quantias à frente e total da receita / despesa no final da página e saldo final também no final da página direita. A seguir a cada conta procede-se ao encerramento com o ajuste de contas realizado pela Mesa da Irmandade. No final tem a data da sessão do Conselho de Distrito que aprova as contas respectivas. Possui termos de abertura e encerramento.
Organizado inicialmente como um Livro Caixa (tipo partidas dobradas), em que se indicava a data, o descritivo da receita ou da despesa e os valores em papel, em moeda e o total. A partir de 1844 descrevem-se a receita e despesa classificada pelas diferentes espécies de receita ou de despesa, segundo as Instruções emanadas do Governo Civil de 1838 e 1843 e passa a designar-se por Conta Geral da Receita e Despesa. O segundo livro já está organizado também por espécies, ou rubricas, do orçamento. As Contas são anuais, procedendo-se ao ajuste das contas pela Mesa da Irmandade, que depois eram enviadas para o Conselho de Distrito para aprovação. No final da folha do termo de ajuste, era assente a data da sessão do Conselho em que as Contas da Irmandade eram aprovadas. Faltam as contas de 1859 a 1878.
O livro Diário constituía outro dos livros obrigatórios segundo as Instruções do Governo Civil de 1843, em que se lançavam o “recebido e expedido diariamente”. Tem no fim de cada ano a aprovação da Mesa.
Modelo do tipo livro "Diário", seguindo as Instruções do Governo Civil de 1843, com indicação do local, dia, mês e ano, a descrição dos recebimentos e pagamentos referentes a cada dia e o valor numérico da quantia recebida ou paga em coluna do lado direito. No fim de cada ano apresenta a aprovação das contas da receita e despesa pela Mesa da Irmandade. Com as Instruções do Governo Civil de 1859, adopta-se um modelo de Livro Diário ligeiramente diferente, definido nas referidas Instruções, em que a receita aparece lançada cronologicamente na página da esquerda e a despesa na página da direita, a data aparece em coluna do lado esquerdo, a descrição da receita ou da despesa na coluna ao centro e as quantias recebidas ou pagas na coluna à direita. Os assentos passam a ser assinados mensalmente pelo Tesoureiro e pelo Secretário da Irmandade. Inclui ainda o termo de aprovação das contas da receita e despesa pela Mesa da Irmandade. As folhas 95 a 97 estão cozidas com linha e no final possui uma nota que diz que «em consequência d'uma irregularidade n'esta conta, fica de nenhum efeito a conta do mês de Outubro», sendo portanto substituída pela seguinte a folhas 98 v.º, assinada pelo Procurador e pelo Secretário da Mesa. Possui termos de abertura e encerramento.
Segue o mesmo modelo do livro anterior, definido segundo as Instruções do Governo Civil de 1859, apresentando os assentos cronologicamente, com a receita e despesa separadas, sendo a receita lançada na página da esquerda e a despesa na página da direita, a data surge em coluna do lado esquerdo, a descrição da receita ou da despesa na coluna ao centro e as quantias recebidas ou pagas na coluna à direita. Cada assento da receita lançado é assinado pelo Tesoureiro e pelo Secretário da Irmandade e cada assento da despesa é assinado apenas pelo Secretário. No fim de cada ano económico apresenta o encerramento das contas aprovadas pela Mesa da Irmandade. O Livro Diário deixa de ter de ser apresentado para aprovação das contas pelo Conselho de Distrito. Possui termos de abertura e encerramento.
Série composta por um livro, utilizado pelo Procurador da Mesa da Irmandade de S. Miguel e Almas para registar os recibos mensais do Capelão, do Andador e os recibos das missas rezadas por alma dos irmãos falecidos. Em cada mês estes assinavam no livro, comprovando o recebimento e no fim de cada ano passavam o recibo geral em papel selado.