O Compromisso da Irmandade indica o modo como se deviam aceitar novos irmãos e quais as suas obrigações e direitos, a forma como se devia proceder à eleição dos membros da Mesa e as obrigações de cada um. Indica ainda a forma como deviam ser escolhidos e os deveres das pessoas que trabalhavam para a Irmandade com ordenado, as condições em que podiam ser aceites irmãos como pobres e em que condições os irmãos em geral podiam ser expulsos, como proceder em caso da morte de um irmão, entre outros. Série constituída apenas por um livro, organizado em sessenta e dois artigos divididos por vinte e um capítulos. No final tem o termo de aprovação pela Junta Grande da Irmandade do Arcanjo S. Miguel e Almas da Freguesia de Nossa Senhora da Encarnação, com as assinaturas de todos os irmãos presentes e Carta Régia de Confirmação do Compromisso, datada de 18 de Fevereiro de 1832.
Para o Cofre dos Pobres era canalizada parte da receita obtida com a entrada de novos irmãos (Compromisso, Cap.1.º, §4.º - que determinava a quantia de 240 réis.) e da receita obtida de parte da jóia paga por cada um dos irmãos mesários (Idem, Cap.13.º, §1.º). Em relação a cada referência de receita ou despesa apresenta a data, o descritivo da receita ou da despesa, a referência ao Livro Caixa (folha e número) e o valor recebido ou despendido.
Esta série é constituída por um livro com as cópias de ordens de pagamento passadas pelo tesoureiro a diversas pessoas como o padre capelão, o andador da Irmandade, o procurador da Mesa, a diversos irmãos pobres, ao fornecedor da cera, entre outros.
Livro em que se procede ao registo dos irmãos nomeados pela Junta Grande para os lugares da Mesa da Irmandade. Procedia-se à verificação das pautas e das votações e os irmãos nomeados faziam o seu compromisso, comprometendo-se a satisfazer as jóias respectivas para os lugares que ocupam na Mesa. Indica o cargo, o nome, informação do pagamento da jóia e o valor pago.
Série composta por um livro, utilizado pelo Procurador da Mesa da Irmandade de S. Miguel e Almas para registar os recibos mensais do Capelão, do Andador e os recibos das missas rezadas por alma dos irmãos falecidos. Em cada mês estes assinavam no livro, comprovando o recebimento e no fim de cada ano passavam o recibo geral em papel selado.
Livro onde se registam as decisões tomadas pela Mesa da Irmandade relativamente a: aceitação de novos irmãos, nomeação para os cargos pagos, aumento de ordenados, nomeações para a Comissão de Exame das Contas da Irmandade, alterações ao Compromisso tomadas em Junta Grande, entre outros assuntos.
Um dos livros tornados obrigatórios segundo as Instruções do Governo Civil de 1843, foi o Livro de Inventário de todos os bens, rendimentos e alfaias. Neste livro se registaram diversos inventários de bens desta Irmandade de S. Miguel e Almas: dos anos de 1843, 1852, 1857 e 1861.
Colecção de cartas patentes de alguns irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas. Esta carta patente, entregue a cada irmão quando admitido na Irmandade, deveria ser entregue em caso de falecimento, juntamente com uma certidão dos pagamentos efectuados à Irmandade, para lhe serem aplicados os sufrágios a que tinha direito (doze missas e acompanhamento da Irmandade). Indica o nome do irmão, a data em que foi admitido, as referências ao seu registo no livro de Assentos dos Irmãos e data da patente.
Contém as cópias das cartas e ofícios enviados pela Irmandade: aos irmãos (normalmente relativas a aceitação de cargos e quotas em atraso), à Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja da Encarnação, ao Administrador do Bairro Alto (remetendo as Contas de gerência e o Orçamento Anual da Irmandade, que também vêm transcritas no livro), entre outros destinatários.
Conjunto de orçamentos da receita e despesa dos anos de 1854 e 1860/1861 a 1867/1868 da Irmandade de S. Miguel e Almas. Conjunto de Contas Gerais da Irmandade de S. Miguel e Almas dos anos de 1860 (1.º semestre) e 1860/1861 a 1867/1868. Inclui também um mapa anual comparativo da despesa autorizada pelo Orçamento com a despesa efectiva.
Registo dos pagamentos anuais efectuados pelos irmãos, servindo para se apurar se os irmãos estavam na posse dos seus direitos ou se se encontravam devedores à Irmandade.
Apresenta o registo de cada irmão em página autónoma, indicando geralmente: nome, estado civil, data de entrada, morada e quantia anual a pagar. No resto da página possui uma quadrícula com os anos, onde era assinalado o pagamento e a quantia paga.
Pautas com relação de irmãos, em que se indica o número de irmão, o nome, a morada e mais alguns elementos como por exemplo: se é filho ou outro parente de outro irmão, se faleceu, se é pobre, se pagou ou não as quotas, novas moradas, etc. No primeiro conjunto tem ainda uma relação com o registo das irmãs e das viúvas dos irmãos com o mesmo tipo de informação. No segundo documento faz-se ainda referência aos livros de entrada e de presidência.
A contribuição para a obra realizada no altar de São Miguel foi solicitada aos irmãos da Irmandade de S. Miguel e Almas por Circular de 1868-04-19, após resolução tomada em Junta Grande. Este conjunto compõe-se de vários cadernos e folhas soltas relativas às contas da obra do Altar, incluindo as despesas com a sua execução e as receitas provenientes das contribuições dos irmãos.
Colecção de recibos de anuais de irmãos e de jóias pagos pelos membros da Mesa quando iniciam os cargos para os quais são escolhidos. Indica o nome do irmão, a quantia a ser paga, o anual a que diz respeito, a data e é assinado pelo Tesoureiro. Existe um pequeno conjunto que se encontrou envolto numa manga que diz: “Recibos que se julgam incobráveis”, alguns com anotação nas costas a dizer “Não pagou” ou “Não quis pagar”. Existe ainda outro conjunto de recibos unidos e cosidos com linha com uma anotação por cima que tem a indicação de “anuais atrazados em 31 de Julho de 1869”.
Um único livro com assentos entre 1756 e 1804 da antiga Irmandade (fol. 1-37) e da Irmandade renovada em 1826, com registos até 1878. Cada assento apresenta a data, a morada e freguesia e o valor pago quando entravam para a Irmandade. À margem dos assentos tem anotações relativas a pagamentos, data de falecimento do irmão, se é casado e se o cônjuge fica como irmão, sufrágios realizados e diversas outras alterações ao registo original (estado civil, residência, etc.).