Conjunto documental relativo ao exercício dos poderes de ordem do reitor, ou seja: a proclamação da palavra de Deus, a santificação dos fiéis e a administração dos sacramentos. Integra documentos destinados a registar os atos de culto, os sacerdotes que os celebram, as intenções dos fiéis, as peregrinações e a administração dos sacramentos do batismo e do casamento, assim como Programas Pastorais. Inclui também documentos de despesa e registos de receita e despesa elaborados por D. Maria de Jesus Atalaya, entre 1961 e 1992. A capela manteve contabilidade autónoma, desde 1960 a 1977. Esta secção inclui uma subsecção com a documentação produzida pelo Vicariato Paroquial de Cristo Rei que existiu entre 1977 e 1999, para manter a ligação à diocese de Lisboa do território onde estava o Santuário e o Seminário de S. Paulo.
Conjunto documental relativo ao exercício do poder de governo do reitor, estruturado em cinco subsecções. O Decreto de Ereção Canónica, de 27 de maio de 1957, define três delas, sendo posteriormente necessário autonomizar uma outra relativa aos assuntos da administração do pessoal, ultimamente, devido ao novo enquadramento da concordata de 18 de maio de 2004, foi criada uma nova subsecção que integra a documentação produzida segundo as respetivas disposições. Assim, a primeira subsecção reúne os atos de administração geral, a segunda a administração do pessoal, a terceira as questões patrimoniais, a manutenção do Monumento e a construção de novas instalações, a quarta é consagrada à administração económica até 2004 e a quinta trata igualmente da administração económica, conforme as normas da Concordata de 2004.